Microbiologie

Il s’agit de l’un des pôles d’excellence de Biomnis, qui a hérité, en la matière, des expertises de l’Institut Pasteur de Lyon, dont le laboratoire de biologie médicale spécialisée a intégré notre laboratoire en 1997. 

Intérêt médical

La mise en évidence des bactéries, des champignons et des parasites constitue une étape indispensable au diagnostic des infections, à leur traitement, mais aussi à la connaissance des maladies infectieuses et parasitaires. Un secteur de notre département est entièrement consacré aux mycobactéries. En effet, la résurgence de la tuberculose et l’émergence des pathologies dues aux mycobactéries non tuberculeuses, en partie liées aux immuno-dépressions pathologiques ou thérapeutiques, rendent indispensable le recours à des méthodes de diagnostic rapides et fiables.

Activité et techniques utilisées

En bactériologie, Biomnis procède à la recherche et à l’identification des bactéries pathogènes pour l’homme, en particulier celles dont les conditions de culture difficiles nécessitent un savoir-faire et une expérience avérés. Les techniques utilisées sont très largement fondées sur l’observation et la culture des germes concernés, dont l’identification est assurée dans un deuxième temps par des tests biochimiques, enzymatiques et sérologiques, complétés au besoin par des outils informatiques. L’isolement et l’identification sont suivis de l’étude de la sensibilité aux antibiotiques et la détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI), qui demeurent capitales pour la mise en œuvre d’un traitement adapté. Pour les souches bactériennes difficilement identifiables par méthodes biochimiques, nous avons recours à des techniques de PCR universelles. Ces techniques sont fondées sur l’amplification et le séquençage de gènes ou de fragments de gènes des bactéries, et l’identification est réalisée par comparaison de la séquence d’acides nucléiques obtenue avec une banque de données. Nous utilisons également la biologie moléculaire pour les diagnostics de Bordetella pertussis, Chlamydiae trachomatis. C. pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae par recherche directe dans les prélèvements…

Notre laboratoire de mycobactéries est le premier laboratoire privé en France en termes de volume, expertise et panel de Mycobacterium identifiés, notamment par hybridation. Pour le diagnostic de la tuberculose et des mycobactéries atypiques, nous avons développé l’identification par biologie moléculaire, la réalisation des antibiogrammes et des CMI, la recherche des mutations touchant la rifampicine et l’isoniazide, et nous utilisons les techniques les plus performantes en ce domaine (culture en milieu liquide avec détection automatisée de croissance, identification par hybridation ADN-ADN, antibiogramme en milieu liquide et détermination des CMI pour les mycobactéries atypiques…)

Le laboratoire effectue également la recherche des mycoses autochtones et exotiques (identification et également anti-fungigramme) et réalise l’identification des principaux parasites intestinaux, sanguicoles ou pulmonaires rencontrés en pathologie humaine. Enfin, nous proposons une interprétation et offrons des conseils cliniques et thérapeutiques aux laboratoires et aux prescripteurs.

Recherche et développement

Biomnis est en relation avec les centres de référence spécialisés et dispose d’une collection de souches importante, qui constitue un outil précieux pour la conduite des études épidémiologiques. Dans le domaine des mycobactéries, le laboratoire participe à l’évaluation de nouvelles techniques (biologie moléculaire, techniques immunologiques).