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Notre spécialité en maladies infectieuses est un pôle d’excellence de notre laboratoire. Il se répartit en 4 secteurs : un laboratoire de mycobactériologie comportant un laboratoire de classe 3, un secteur de microbiologie comprenant les cultures bactériennes et virales, ainsi qu’un secteur de parasitologie, et 2 secteurs transversaux : la biologie moléculaire appliquée au diagnostic des maladies infectieuses et la sérologie.

L’utilisation de technologies de pointe est indispensable dans ce département pour permettre l’adaptation à la constante évolution du diagnostic des maladies infectieuses : épidémies, émergence de nouveaux agents pathogènes, apparition de résistance aux anti-infectieux.


Bactériologie-Parasitologie-Mycologie-

Cultures virales

Le laboratoire de Bactériologie-Parasitologie est constitué de techniciens expérimentés, et encadré par 2 microbiologistes. Les analyses rendues jouent un rôle à différents niveaux dans la prise en charge du patient :

diagnostic, suivi thérapeutique, dépistage de bactéries multirésistantes, contrôles de stérilité d’échantillons destinés

à être greffés à des patients immunodéprimés, recherche des microrganismes sur les poches de sang lors d’incidents transfusionnels, analyse soumise à un agrément préfectoral.

Concernant Clostridium difficile, notre secteur de bactériologie possède le panel entier des analyses préconisées par les sociétés savantes dans les récents algorithmes de diagnostic biologique. Outre les techniques classiques de culture et antibiogramme, nous utilisons des techniques de PCR pour la détection et l’identification de gène de résistance des bactéries difficilement cultivables (Helicobacter pylori). Par ailleurs, nous réalisons les tests respiratoires à l’urée marquée au 13C pour le diagnostic in vivo d’une infection à Helicobacter pylori dont la pratique est aujourd’hui largement répandue, notamment pour le contrôle de l’éradication.

De plus, grâce à la biologie moléculaire, la recherche de bactéries multi-résistantes (entérobactéries porteuses de carbapénèmase) peut être rendue en quelques heures, contre plusieurs jours avec les techniques classiques. Les autres analyses de bactériologie (dites « standards »), et de mycologie sont sous-traitées au CHU de St-Etienne. Elles sont effectuées avec l’attention et la qualité d’un centre hospitalier.

Parallèlement, le laboratoire possède une expérience reconnue en matière de cultures cellulaires, ce qui lui permet d’utiliser les techniques traditionnelles de la virologie (isolement et identification des virus, séroneutralisation), encore souvent considérées comme référence, notamment pour le diagnostic de l’herpès.

Nos ressources scientifiques


Mycobactériologie

Un secteur de notre département est entièrement consacré aux mycobactéries. En effet, la résurgence de la tuberculose et l’émergence des pathologies dues aux mycobactéries non tuberculeuses, en partie liées aux immunodépressions pathologiques ou thérapeutiques, rendent indispensable le recours à des méthodes de diagnostic rapides et fiables.

Notre laboratoire de mycobactéries est le premier laboratoire privé en France en termes de volume et d’expertise. Pour le diagnostic de la tuberculose, nous disposons de la technique de PCR directe la plus sensible du marché, permettant le diagnostic direct dans le prélèvement, des mycobactéries du complexe tuberculeux en moins de 2 h. Concernant l’identification des mycobactéries, nous utilisons des techniques de biologie moléculaire, ainsi que la recherche des mutations touchant la rifampicine et l’isoniazide. Pour la culture, la réalisation des antibiogrammes et des CMI, nous utilisons les techniques les plus performantes en ce domaine (culture en milieu liquide avec détection automatisée de croissance, identification par hybridation ADN-ADN, antibiogramme en milieu liquide).

Nous effectuons également le test QuantiFERON®-TB Gold IT® (test d’évaluation de la production d’interféron gamma ou IGRA pour Interferon gamma release assay), pour le diagnostic des tuberculoses latentes dont les indications ont été précisées en 2011 par le Haut Conseil de la Santé publique.

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Biologie moléculaire en maladies infectieuses

Une grande part de notre activité concerne la recherche, la quantification et, éventuellement, le typage de virus à ADN ou ARN non – ou difficilement – cultivables (VIH, virus des hépatites B et C, papillomavirus, CMV, EBV, parvovirus…). Les méthodes de PCR en temps réel se sont imposées en raison de leurs performances, mais aussi parce qu’elles permettent de réduire les délais de réponse. L’automatisation et l’informatisation de l’ensemble du processus analytique, depuis l’extraction du prélèvement jusqu’au résultat final, améliorent la reproductibilité et sécurisent le résultat.

Ainsi, nous réalisons des PCR très spécialisées et de grande aide diagnostique pour la recherche de microorganismes de culture fastidieuse ou impossible : Treponema pallidum, Mycoplasma genitalium, Haemohilus ducreyi, Kingella kingae, Tropheryma whiplei, Bartonella spp ou ceux de culture longue : Legionella pneumophila.

Pour pallier le manque de sensibilité des techniques habituelles de diagnostic, nous avons développé les PCR P. jirovecii et Clostridium difficile.

Dans le contexte d’émergence d’épidémie, ont été mises en place les PCR grippe A H1N1, puis, plus récemment, chikungunya et dengue.

Des PCR permettant le diagnostic des infections virales plus rares, survenant chez les patients immunodéprimés, ont également été développées : PCR JC, BK, Human Herpes virus 6, HHV 7, et HHV8. Enfin, 2 biologistes agrées nous apportent leur expertise dans le diagnostic infectieux prénatal.

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Sérologies

La sérologie met en jeu un ensemble de méthodes d’analyses permettant de détecter et de quantifier les anticorps et, éventuellement, les antigènes spécifiques des agents des maladies infectieuses, témoins de l’existence d’un contact avec ces organismes. .

Il devient ainsi possible de diagnostiquer une infection virale, bactérienne, parasitaire ou fungique (détection d’antigènes, d’anticorps de type IgM, séroconversion), d’en mesurer l’impact sur une population (épidémiologie), de déterminer le degré de protection après vaccination et le statut immunitaire, particulièrement important à connaître chez la femme enceinte et le sujet immunodéprimé.

Le schéma technique habituel comporte un dépistage et, en cas de positivité, la confirmation et le titrage. Les tests utilisés, choisis pour leurs performances reconnues dans un domaine ou pour un agent infectieux particulier, permettent de caractériser les différents isotypes d’immunoglobulines (IgM, IgG, éventuellement IgA), quand cela est nécessaire. Ils sont appliqués à la sérologie virale (VIH, VHC, VHB, EBV, CMV…), bactérienne (maladie de Lyme, coqueluche…), parasitaire (parasitoses autochtones : hydatidose, toxocarose… et tropicales : amibiase, bilharziose…), fungique (Candida albicans, Aspergillus fumigatus).

Certaines analyses sont réalisées en collaboration avec des Centres reconnus comme référents en infectiologie – hôpital Paul Brousse pour l’avidité rubéole, CNR des arboviroses pour les virus West-Nile, encéphalite japonaise…, , CNR des hépatites, par exemple dans le cadre de la confirmation par PCR et du génotypage de l’hépatite E autochtone…

Certains de nos biologistes sont membres de l’ASM (American Society for Microbiology) et consultants pour l’ANSM.

Nos ressources scientifiques


Ressources

Bactériologie-Parasitologie-Mycologie-Cultures virales

Focus 35Staphylococcus Aureus
Focus 32Parasitoses pulmonaires
Focus 15Diarrhées bactériennes

Mycobactériologie

Focus 5Mycobactéries
Le Point SurDiagnostic des infections à mycobactéries

Biologie moléculaire en maladies infectieuses

Focus 52HPV actualités en 2014
Focus 46IST – le point de vue du clinicien
Focus 27La rougeole
Focus 24La dengue
Focus 18PCR et ARN 16S
Focus 3Grippe
Focus 2Grippe aviaire
Le Point SurHPV et dépistage du cancer du col

Sérologies

Focus 53Arboviroses
Focus 46IST – le point de vue du clinicien
Focus 27La rougeole
Focus 17Diagnostic biologique de la syphilis en 2009

Textes réglementaires

Journal Officiel numéro 302 du 30 décembre 2011

Arrêté du 26 décembre 2011 fixant la liste des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles et des laboratoires associés
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